Se originó de una idea en el año 2011 por el interés particular de médicos gastroenterólogos de diversos países de Latino America tales como México, Argentina, Brasil, Colombia y Venezuela así como Canadá con el fin de sumar esfuerzos para la consolidación académica y científica del área de enfermedad inflamatoria intestinal (EII) en países de América Latina.


Después de varias reuniones del Comité Directivo conformado por miembros de los países antes mencionados en eventos como la Digestive Disease Week, la European Crohn’s and Colitis Organisation and United European Gastroenterology Week finalmente se constituyó legalmente la Organización el día 22 de abril del 2014 en la Ciudad de México bajo el liderazgo y entusiasmo del Presidente Electo Dr. Jesús Kazuo Yamamoto Furusho y el Comité Directivo-Fundador de PANCCO.